El Museo conserva el contexto constructivo de la zona arqueológica no sólo por ser de adobe y barro, sino porque el lenguaje de las formas, símbolos y color mantienen la filosofía constructiva de quienes levantaron estas construcciones hace más de 1000 años.

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El interior del Museo está distribuido en una secuencia temática que muestra inicialmente el ámbito geográfico, los primeros investigadores que han intervenido a lo largo de los últimos 100 años.

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El Museo de Sitio explica el significado de una de las tradiciones orales más importantes de América Precolombina como es “la Leyenda de Ñaymlap”. Este relato que habla de la presencia emblemática de un caudillo conocido con el nombre de Ñaymlap que arriba a las costas del actual ámbito del distrito de San José con su séquito y ordena construir un templo al que denomina “Chot” donde coloca un ídolo llamado Yampallec, a partir del cual se produce el crecimiento de la dinastía de este personaje que aparece en el relato como un hombre de mucho valor que con su muerte se transforma en ave y se vuelve inmortal.

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La otra parte del Museo está orientada a mostrar el resultado de las últimas investigaciones arqueológicas en el sitio con el sorprendente hallazgo de la “Sacerdotisa Lambayeque de Chornancap”, una mujer de la élite que vivió entre los años 1250 al 1350DC.